太极元年（712），义净大师七十八岁高龄，身体出现了病症。大众已经在准备他的后事，弟子崇勗为他画了像。七月，唐睿宗禅位于太子玄宗。八月三日，玄宗即位，尊睿宗为太上皇。睿宗皇帝看到义净大师的画像后，亲自为义净大师作了一篇“赞”。后来，义净大师的病越来越重，便上书想回齐州老家，毕竟叶落归根。次年春节刚过，正月六日睿宗皇帝便特下诰命，允许其返乡养病。然无常不期，义净大师“道茂年衰，卒难胜致，气力渐劣”。中旬七日，便要来纸笔，于是给诸弟子写了遗书，曰：

吾闻乾为天也，坤为地也。百亿日月，翕辟照山河；百亿阎浮，幽明成昼夜。死生常道，唯圣人之能逾；衰变恒然，岂凡夫之能越？吾渐微弱，汝等未安，虑忽临终遗书叙意。吾禀气山岳，养志经书，错综古今，搜求图籍。七岁念文举之俊，念之日，不独天生；十二见甘罗之才，念之日，应同我辈。英达君子，虽未当仁；博识丈夫，应权而动。少寻周孔，以礼乐为常；长习老庄，将恬淡而为乐。于国有益，于人甚安。不知过去之因，不说未来之果。研精失虑，据赜求微。枯木死灰之言，何足凿其心眼；玉藻金縢之典，讵可莹其精神。乍北乍南，每作栖遑之客；或隐或处，频尚虚白之心。

发愿出家，投身入道，一归缁侣，再沐皇恩。属天子高居，公卿政事。盛扬佛日，自汉魏而不同；虔奉释文，与周隋而全别。思之琳远，希欲连踪；想之腾澄，无妄接影。三藏教迹，将汉地而未圆；十二部经，想中天而可取。年始一十有七，思游五印之都；岁临三十有七，愿到双林之境。哀别南去，远达西征；海路波涛，关山险阻。历三十之外国，将四百之真经。愿为众生，志存翻译。辞八相之灵塔，归九洛之神州。天子亲迎，群公重法。欢心役思，尽力妄疲。五圣天波，常遭覆荫。

百年天命，渐自衰微。佛说涅槃，流传十二分教；余见将死，宁无一二之言。遥想前途，不知几里；又思生路，不知何年。吁吁嗟嗟！至无至之处所，到不到之境界。取证可知，生不生之形骸。于心尚惑，事既忩迫，恐无暇言。所译之经，虔敬无尽；未翻之典，愧恨弥深。不得尽本心，不得终本愿，不知天之故夺，不知神之故为。桑公俞附之医，昔年何有；扁鹊葛洪之手，今日何无。石火流光，光销难续；水花发彩，彩不久停。负气吞声，衔悲茹泣。情既恨恨，乃述言焉。弟子门人，不可具载，略而书矣，望遣传灯。

学戒学律之徒，莫违微细；学论学经之辈，须识邪疑。三学总成，佛之上愿。一行偏善，吾未喜焉。具圆之人，触犯须慎。近圆之者，尊卑有方。讲律之流，愿无休恩。传经之士，冀见奉行。若为寺主纲维，尽身尽命荷护。僧徒慈仁慈忍，尼众禁戒分明，大须坚固。汝等如吾言，行吾法：吾若为石为土也，即为汝之屋宅；吾若为楸为柏也，覆荫汝之形容；吾若为神为鬼也，即益资汝之精气；吾若为花为药也，即加备汝之灵寿；吾若为天为人也，即以甘脆为汝之饮食；吾若得道得果也，即以威神令汝之安乐。

汝若违吾语，失吾言：吾若为石为土也，汝死而不为丘墓；若为楸为柏也，汝死而不为棺椁；若为神为鬼也，为崇而不为荷护；若为花为药也，为毒而不为气力；若为天为人也，为恶而不为安稳；若得道得果也，怖汝心而为伴为侣。慈之若此，悲之如斯。崇庆、崇勖、元廓、玄秀、玄睿、慧神等，聪明禀气，特达奇神。须存凿壁之功，无使面墙有分。剥皮为纸，昔菩萨之大心；重法传经，在汝等之用意。

吾自病已久，镇卧床枕，既不瘳损，无复聊生。惠奭、悟道以下，返道小者，扶侍辛苦，惭愧唯深。文艺最处老生，汝等偏须优爱。梵本先有表文，付智积、才艺等。百德丰碑，须为我立。衣钵锡杖，持律者收。吾别有语，已属才艺。京城贞法师、庄法师、伞法师、恒律师、昭上座、海都师等，天骨神授，器深智达，为众生之眼目，作佛法之栋梁。吾贵之重之，感通千万。东京玄秀、怀秀十二，及诸州弟子门人法明、敬忠、慧福等，虽不相见，如上处分。齐州孤妹诸亲眷族，并言好住。慧日、阿湛，相去既远，吾何忘之。各写一本，待诸后人。知吾之情，禀吾之意，汝等努力，吾亦自忧耳！

义净大师临终的遗言，写尽了他一生的追求与信念，从始至终。从七岁开始，他就是一个天赋异禀的小孩，肩比古时的文举、甘罗。在土窟寺跟随善遇、慧智大师学习，博学古今。因善遇大师精通各种内外之学，故义净大师也聪颖好学，异于常伦。发愿出家之后，精进研学，从汉魏初传之佛典，一直到北周、隋朝直至他生活的唐朝流传的佛藏经典，无不研读。

即便如此，义净大师还认为他所学的佛学并没有圆满传承“三藏十二部一切经典”，还须从中天竺取得更多。因此十七岁便发此志愿西行求法，但直到三十七岁才成行。他告别众亲，历尽千险，途经三十余国，取回了四百多卷佛经，并愿为众生去翻译。“天子亲迎，群公重法”，在遗书中，义净大师又一次提及了则天皇帝亲迎的厚待，以及各位王公大臣的重视。义净大师为佛法而鞠躬尽瘁，耗尽了一生的心血而欢喜不已！面对自己即将灯灭，甚感遗憾，恨自己终不能完成自己所愿，“所译之经，虔敬无尽；未翻之典，愧恨弥深”，惜叹人生短暂，无常迅速。同时，义净大师还不忘劝诫后面的僧人们要努力学习佛法精要。