“南谟薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑诃！”

向来以为咒是秘密藏，持念就好，不可求解；其实咒语大部分都可以解释，只有极少几句在可解与不可解之间。“南谟”，即皈依、皈命的意思。“薄伽伐帝”，为薄伽梵的异译，也即是世尊。“鞞杀社窭噜”，是药师。“薜琉璃”，即是琉璃。“钵喇婆”，是光。“喝啰阇也”，是王。“怛陀揭多耶”，是如来。“阿啰喝帝”，是应（供）。“三藐三勃陀耶”，是等正觉。

这几句综合起来，即是：‘皈命世尊药师琉璃光王如来、应、等正觉。’以下才是真正咒心：“怛侄他”，就是‘即说咒曰’的意思。

“唵”，应读作嗡音，意义很多。（一）、皈依义，即是集中身心而向于三宝；

（二）、警觉义，提起注意；也就是把精神集中起来，注意一个地方。“鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社”，即是说：药！药！药！“三没揭帝”，即是普度，普遍救度一切众生之义。“娑诃”，也作‘娑婆诃’，意思是速得成就。

此咒上半是皈依药师如来，祈求加被；下半是说用药治疗一切众生病苦，希望立即痊愈。

佛教中的咒语，形式大多如此，一开头就是归依什么佛或什么菩萨，如大悲咒的‘南无喝啰怛那哆啰夜耶’等，即是归依三宝，归依圣观音菩萨的意思，往生咒的‘南无阿弥多婆夜’，即是归依阿弥陀佛；还有善天女咒，以及其他许多咒语，也都以归依为开始。

持咒到底是否灵验？这当然有其潜在难思的作用，不过也有条件。在特殊情况下，危急临头，专诚恳切，念起来就每有效用。或者是经很长的时间，每日精勤持念，才能发生神效。有人持大悲咒，十年或廿年，得到神验，可以为人治病，一念就发生作用，这是恒久受持的关系。有的人临时念几遍，心不专切；或断断续续受持，没有恒心，所以不会灵验。如打太极拳，时间短暂，不曾多练习，对身体毫无用处；若时间长久，而能无间练习，自然可以出功夫。

持咒与念佛，都要持久，要一心专念。不过念经念佛与念咒，多少有些不同。念经要了解经义，念佛也要明了佛的名号及其本愿功德；念咒则不然，咒的含义非常多，不必了解，行者只须集中精神持念就行。虽然不能了解其中意义，但有一潜在的力量。这种力量，隐而不显，看不见，想不透，而作用却非常大。

我们持念药师咒，依此咒的力量，就可与药师如来的愿力相交感，而得消除病患。这如世间人，有时用说话，或用通讯，可以详尽地表白意见，使对方明了；可是有时，彼此预先有了密约，或只用一句话，或符号，或密码，外人虽然不懂，但他们两者间，却能藉此互达情意。药师咒，就是我们众生有病痛时，向药师如来恳求救济的一种密码；我们不一定了解其中意义，只须至心持念，自然就会与药师如来的慈悲愿力发生交感作用，使我们达到消除病苦的目的。其他咒语，凡有不可解的地方，我们都应作这样的理解。