妙高，字云峰，长溪人，他家世世以儒学为业，他母亲临盆前夕梦见一个婴儿坐在莲花之上，手捧而得之，醒来时便生下了妙高，于是给他起名为梦池。妙高神采秀发，喜欢读书，尤其醉心于佛经，父母因为那个梦的缘故，也就依从他的志向，让他投于云梦泽公门下。
从此，他就锐意求道，绝无懈怠。他首先去参谒痴绝冲公，冲公说：“这孩子说话头绪清晰，将来必能光大我宗！”接着又去参谒无准范公，范公十分喜欢他，准备让他在身边任职，他感叹道：“怀与安，实败名。”便离开了范公，去见偃溪大师，在偃溪那里管理典籍。
有一天，偃溪问他：“打个比方，一头牛穿过窗户，牛头、牛角和四只蹄子全过去了，为什么尾巴却不能过去呢？”妙高听了，顿时有所省悟，回答道：“鲸吞海水尽，露出珊湖枝。”偃溪非常欣赏他的回答，于是，妙高成了偃溪的嫡系传人。
不久，朝廷让他去蒋山担任住持，他的名声也越来越大。至元十二年，元兵攻进寺内，用刀架在他的脖子上来回地磨，威胁他交出寺内的金银，他脸不改色，高声回答：“这里只有寺庙与僧人，没有你们要的金银，你们要杀便杀，不要磨来磨去，我的头不是你们的磨刀石！”元兵见他神色自若，大义凛然，非常佩服，便收刀走了，寺庙也得以保全。
过了五年，妙高又任径山住持，当时径山寺因经战火动乱，破败不堪，妙高一到那里，便悉力兴建，经过艰苦的努力，才将寺庙恢复旧观。谁知到第二年正月，一场大火将全寺烧了个干干净净，僧众见数年的辛苦刹那化为乌有，又惊惧又伤心。妙高大师喟然叹道：“我上辈子有负于此山，我只好偿还这笔债，别的我并不担心，只担心你们不理解‘狗子无佛性'这句话啊！”僧众听了，都为之悚然。
于是，妙高又苦心经营了三年，才告成功，全寺有房屋千余间，用工一百多万。在兴建过程中，他虽然要管理所有事务，但早晚唱道，按部就班，云游而来的僧人仍然很多，也能得到正常的接待，一切都像平时一样。特别是妙高大师在十余年的时间里，两建大庙，竟然如此从容，确实令人佩服。
大庙建成后，妙高大师见禅宗面临重大危机，便毅然来到京城。在禅、教两门的辩论会上，忽必烈问：“禅以什么为宗？”妙高回答说：“净智妙圆，体本空寂，这不是见闻知所能达到的境界。”
接下来忽必烈再三盘问，妙高大师追源溯流，缘词说理，一一条分缕析。洋洋数千言，如长江千里清秋，如山泉汩汩而流，忽必烈听了十分欣赏。从此以后，佛教徒再也不敢攻击禅宗，而元朝统治者也对禅宗深信不疑了。
元世祖至元三十年六月十七日，妙高大师端坐而逝，世寿七十五，塔葬于寺西之居顶庵。